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FACULTÉ DE MÉDECINE
PIERRE ET MARIE CURIE
PDF

Introduction à la programmation et à l'algorithmique pour les biologistes (OBI2)

Résumé

Type de certification

  • Formation qualifiante

Thématique

  • Bioinformatique et statistiques

Composante(s)

Présentation

Code FC

  • B165

Objectifs

Le stagiaire s’initiera à la programmation et à l'algorithmique.
Il étudiera la faisabilité d'un algorithme : les problèmes simples et les problèmes complexes.
Il programmera quelques algorithmes classiques pour l'optimisation et le traitement des données.

Contenu

  • Qu'est ce qu'un algorithme ? Analyse d'un problème.
  • Représentation et structures de données.
  • Liaisons entre les structures de données et les algorithmes.
  • Complexité d'un algorithme. Résolutions exactes et heuristiques.
  • Méthodes d'optimisation.

La mise en œuvre sera faite dans un langage de programmation interprété et souple (Python).

Planning

  • Jour 1 : cours : notions générales d'algorithmique et de programmation - présentation du langage Python (variables, structure de contrôle, fonctions)./ TP : utilisation des structures de données et des structures des contrôles de Python, fonctions.
  • Jour 2 : Cours : algorithmes de tri. / TP : mise en oeuvre du tri (bulle, merge).
  • Jour 3 : Cours : optimisation (simplexe, Monte Carlo et méthodes dérivées (recuit simulé), gradients). TP : dictionnaires, compte de mots, analyse du biais de GC sur un génome.
  • Jour 4 : TP : optimisation suite (recuit simulé à partir duMonte Carlo, taboo search, gradient).

Pour en savoir plus :
http://abiens.snv.jussieu.fr/OBI/OBI2

Effectif maximal

  • 14

Public cible et prérequis

Public et prérequis

Biologistes (au sens large), chercheurs, ingénieurs ou techniciens.

Tarifs

Tarifs

720 €

Organisation/Calendrier

Organisation

Le public sera composé des stagiaires en formation continue et doctorants (maximum 14 personnes au total).

Les travaux pratiques sont encadrés par au moins deux enseignants.

Calendrier

Du 20 au 23 mars 2017

Inscription obligatoire au moins 2 mois avant la session.

Durée

  • 28 h sur 8 demi-journées (4 jours successifs)

Contacts/Inscription

Responsable

  • Lafontaine Ingrid
  • Lopez Philippe

Inscription

Contact administratif
Pôle sciences - Corinne Vidal – 01 44 27 82 82                                       formation.continue@upmc.fr
Accueil public : campus Jussieu – 4, place Jussieu – 75005 Paris – Tour 14/24 – 5e étage

Evaluation/Validation

Validation

  • Attestation de fin de formation